1、机构职能不清。根据《招标投标法》、《国务院有关部门实施招投标活动职责分工的意见》（国办发〔2000〕34号），发展改革部门对本行政区域内的招标投标活动进行指导协调。根据这一精神，县一级一般将本地“招标投标指导协调办公室”设在发改部门，而“招标投标领导小组办公室”设在建设部门，全县建设工程招投标活动全部由建设部门为主操作，职能有些错位，“招标投标指导协调办公室”形同虚设。
    2、行业垄断普遍。由于当前管理体制和部门利益驱动等原因，一些部门在招投标问题上违反操作规程，实行行业垄断、部门封锁。在工程的发包上，借用招投标活动的监督权，照顾下属企业或单位；或以不合理条件限制、排斥外地施工企业参与投标；或违规设置招标许可阻止外地企业投标；或越权指定招标公告的发布媒体，限制公告的发布地点和时间；或不按法定的招投标程序操作，给自己主观操作提供方便；或以邀标方式回避公开招标等等。另外，由于行业垄断分散操作，缺乏集中统一管理机制，招投标工作经常出现临时凑合、仓促上阵的情形。
    3、规避招标形式多种多样。有的是拆大变小，少报多建，以此回避招标投标法规定的规模，最后对决算进行追补，随意性非常大；有的借口建设项目的特殊性、专业性，将应公开招标的项目变为所谓的邀请招标，以敷衍公众，欺骗上级；有的借口资金困难需带资建设，明招暗不招；有的建设项目在选择施工单位时搞了招标，但在项目的设计、监理、采购等方面不实行招标。
    4、评标环节漏洞诸多。一是评标专家库管理分散且有些评标专家在评标过程中不能客观公正地履行职责。各行业、各部门都有自己单独设立的评委库，往往招标人就是评标专家。同时，由于评委库的分散，对评标专家的监督管理也不能到位，投标单位拉拢、串通评委、招标单位授单操纵评委的现象很难避免。同时根据《招标投标法》及有关配套制度，招标人与其委托的招标代理机构还可以以评标专家身份参加评标，并在评标委员会中有1/3的席位，招标人还有对投标单位信誉度0至3分的加分裁量权，这些都足以影响评标结果。二是由于交易中心场地建设不完备，设施简陋，条件还不到封闭评标开标的要求，投标人与之间评委的接触、联系也不能完全避免。三是评标办法不统一，评标结果受人为因素影响大。交通、水利、建设各行业均有自己的评标办法，且都倾重打分评标机制，按现行综合评标法、百分制评分确定中标人，人为因素影响较大，标底泄露的问题难以控制。由于上述诸多因素影响，使招标投标活动尚不能完全贯彻公开、公平、公正的原则。
    5、招投标后续监管缺位。一个工程项目中标以后，至于会不会出现转包分包，签订的合同与招标投标文件是否背离，施工中有无设计变更，以及工程决算的评审监督、工程款的结算等，都没有进行跟踪监控，从而大量诱发建设领域腐败问题。特别是施工过程中设计变更，其监督管理基本上是失控状态，没有严格的控制程序，没有监督部门的参与，没有有效的概预算约束。在这种情况下，变更很容易达成内幕交易，甚至恶意串通，虚拟变更，虚报费用。